ksu_memo
29.01.2010, 16:27
VİROLOJİ DERS NOTU
BİTKİ VİRÜSLERİ TARAFINDAN OLUŞAN SİMPTOMLAR
►Bütün viral hastalıklar tüm bitkilerde dereceli de olsa; cüceleşme, bodurlaşma, toplam üründe azalmalara neden olur.
►Virüsler genellikle infekteledikleri bitkilerin hayatlarını kısaltırlar,nadiren de olsa ölümlere yol açar.
►Virüs infekteli bitkilerde göze çarpan simptomlar genellikle yapraklarda; fakat bazılarının simptomları gövde, meyve ve köklerde de kendini gösterebilir. Simptom kombinasyonları sadece bu organlarda tek tek ortaya çıkabilirken,bunlarla birlikte yapraklarda da ortaya çıkabilir.
►Bazı virüsler belli konukçuları infekteledikleri halde gözle görülebilir. Simptom oluşturmazlar. Bunlar latent virüslerdir.
►Konukçular simptomsuz taşıyıcı olarak adlandırılırlar.
►Bazı durumlarda virüs infeksiyonu gerçekleştiği halde bitkiler belli çevresel koşullarda kısa bir zaman için simptomsuz görünümdedirler ve bu tür simptomlar maskelenmiş olarak adlandırılırlar.
►Bitkiler inokülasyondan kısa bir zaman sonra, konukçunun ölümüne neden olabilecek akut simptomlar gösterir. Şayet konukçu başlangıç şok devresinde hayatta kalabilirse,simptomlar (kronik simptomlar) bitkinin sonradan gelişen organlarının bir kısmını veya tamamını kaplayacak kısmında daha hafif bir görünüm alır.
►Bazı hastalıklarda simptomlar şiddetini artırarak bitkilerin dereceli (yavaş) veya hızlı yıkımlarına neden olur.
►Sistemik virüs infeksiyonları tarafından üretilen en yaygın bitki simptomu mozayik ve halka leke’lerdir
►Mozayik; Meyve veya yaprakların normal yeşil renkleriyle karışmış açık yeşil, sarı veya beyaz kısımları olarak karakterize edilirler.
►Mozayik tipi simptomlarının ve renk açılması desenlerine ve yoğunluklarına bağlı olarak lekeler, çizgiler, halka deseni, çizgi deseni, damar açılmaları, damar bantlaşmaları veya klorotik lekeler şeklinde ifade edilebilir.
►Halka lekeler, yapraklarda ve bazen de meyve ve gövdeler üzerinde klorotik veya netrotik halkalar görünümdedirler.
►Pek çok halka leke hastalıklarında simptomlar daha sonra kaybolma eğilimindedir; VİRÜS DEĞİL!
Karşılaşılan diğer simptomlar (daha az rastlananlar);
-Bodurlaşma, cücelik, yaprak kıvırcıklığı, sarılıklar, çizgi,tümör, gövde çukurlaşması, meyve çekirdeğinde düzleşmeler ve gövde şekil bozuklukları .
►Bitki virüsleri herhangi bir enzim, toksin veya başka türlü patojenik maddeler içermezler, konukçu üzerinde çok çeşitli simptomlara neden olurlar.
►Sadece viral nükleik asidin veya tamamen bir virüsün bitki hücresi içinde olması, yüksek miktarlarda da olsa her zaman hastalık simptomları vermezler.
Bazı bitkiler diğer bitkilerden çok daha yüksek konsantrasyonlarda virüs içerdikleri halde hafif şiddetle simptomlar verebilir veya simptomsuz taşıyıcı olabilir.
► Bitkilerde viral hastalıklar başlıca besin tüketimine yönelik değil, daha çok virüsün kendisini sentezlemesine yöneliktir. Bu durum virüsün konukçu metabolizmasındaki daha çok dolaylı etkileridir.
► Bu etkiler daha çok konukçu tarafından (virüs tarafından sebep olunan) yeni proteinlerin sentezlenmesi şeklinde kendini gösterir.
►Virüsler genel olarak yaprakta klorofili azaltarak, klorofil etkinliğini azaltarak ve bitkideki yaprak alanlarını azaltarak fotosentezin düşmesine neden olur.
►Virüsler aynı zamanda bitkilerdeki büyümeyi düzenleyici maddelerin miktarını azaltırlar. Çoğunlukla büyümeyi engelleyici maddelerin sentezine neden olurlar.
►Hızlı virüs sentezlenmesi esnasında suda çözünebilir azotun azalması bitkide görülen virüs hastalıklarda sıklıkla ortaya çıkar ve mozayik hastalıklarında bitki dokularında karbonhidrat düzeylerinin kronik düşüşleri görülebilir.
BİTKİ VİRÜSLERİNİN SINIFLANMASI
► Virüs sınıflaması, diğer sınıflamalarda olduğu gibi benzer özellikler gösteren bireyleri gruplar içinde toplamayı amaçlar.Sınıflamanın getirdiği yararlar;
a- İnsan aklında kolaylıkla hatırlanabilmesi içkin organizmaların yapısal düzenlenme kazanmasını sağlar.
b-Virologlar arasındaki ileşitimi kolaylaştırır.
c-Yeni virüslerin özelliklerinin belirlenmesini sağlar
d-Evrimsel akrabalık ilişkilerini mümkün kılar
► Ancak virüslerin adlandırılması/ sınıflandırılması işi oldukça zordur. Bu iki işlem birbirinden farklıdır. İsimlendirme olayı,arkasından sınıflandırmayı getirir.
► İlk çalışanlar virüslere isimlerini tipik simptomatik özelliklerini verdiği konukçu bitkiden türeterek vermişlerdir.
ÖRN. Tütün mozayik virüsü
► Virüsler ilk bulunduklarında, stabil varlıklar olarak düşünüldü ve belli konukçulardaki her hastalık durumu farklı virüse göre göz önüne alındı. Ancak 1930’larda 3 önemli husus anlaşıldı:
a)Virüsler aynı konukçu üzerinde farklı simptomlara neden olan, farklı ırklar şeklinde var olabilir.
b)Tek ve aynı konukçu üzerinde farklı virüs grupları, benzer simptomlar oluşturabilir,
c)Bazı hastalıklar, birbiriyle ilişkili olmayan virüslerin karışık infeksiyonu sonucu meydana gelebilirler.
►1927’de J. Jahnson, virüslerin tanımlanması için (adlandırılması) virüs ismine bazı ortak isimlerinde eklenmesi önerisini getirdi. Örneğin TMV için 5 farklı karakter göz önüne alındı;
-taşınma modu
-farklılaşmamış / doğal konukçuları
-in vitro’da kalıcılığı
-termal ölüm noktası
-belirleyici simptomlar
Bu şekilde 50 kadar virüs tanımlanıp, gruplara ayrıldı.
SINIF, CİNS, TÜR, GRUPLAR
► 1970’de Mexico City’deki ICTV toplantısında, virüslerin ilk taksonomik çalışması kabul edildi.
●Burada; iki sınıf + bunların cinsleri
●22 cins omurgalı, omurgasız ve bakterileri infekteleyen virüslerin sınıfına dahil edilmedi. Ancak bunlarda da güçlükler çıktı. Daha sonraki sınıflamada;
1. Vürüslerin (türlerin) belirlenmesi:
►Doğada var olan ve “virüs” türü olarak altının çizilmesi pratik ihtiyaçtan doğmuştur. Bu durum özellikle teşhis amacı için ortaya çıkmıştır.
► Virüsler “tür” olarak veya var olan virüsün bir ırkı olmadığı/ farklı bir yapı olduğu/ait olabileceği cinsi ait özellikleri tam olarak ortaya konulmamış türler olarak tanınırlar.
2. Virüs ırkları ve izolatla:
►Yeni bir virüsün gerçek bir tür olup olmadığı veya var olan türün ırkı olup olmadığına karar vermek, ortak/yaygın bir problemdir.
3. Virüslerin (türlerin) adlandırılması:
►Bazı ICTV türleri doğrudan İngilizce isimleri kullanmayı önerdi. Ancak bu mevcut virüsler için kolay olurken, yeni bulunanlar için uygun değildi.
►Bazı virologlar seri numaralandırmayı önerdi. Ne var ki bazı mikrobiyologların tecrübelerine dayanarak, numaralandırma sistemi taksonomik gruplarda değişiklik yaptıkça ve zaman geçtikçe karışıklığa yol açtığını ileri sürdü.
►En iddialı olarak Latince isimlendirilme kullanıldı. Latince binomial sistem,uzun yıllar destek gördü.
►Son yıllarda yapılan en önemli taksonomik yenilik, virüslerin İngilizce isimlerinin sınıf veya cins ismiyle devam etmesidir.
ÖRN: Tobacco mosaic tobamovirus
Lettuce necrotic yellows rhabdovirus
4. Akronimler veya kısaltmalar:
►Literatür bilgilerini daha kısa tutmak amacıyla kısaltmalar, virüs isminin her kelimesinin ilk harfinin kullanılarak yazılmış formlarıdır. Ancak kısaltmalarda da bazı aksaklıklar ortaya çıkınca, bazı kurallar getirildi.
a. Kısaltmalar mümkün olduğu kadar kısa olmalı
b. Bir kısaltma hala kullanımda olan ve daha önceki olanın kopyası olmamalı
c. “Virüs” ismi “V” olarak kısaltılmalı
d. “Viroid” ismi “Vd” olarak kısaltılmalı
Daha sonra çıkartılan detaylı rehberde kısaltmalarda;
►mosaic = M Bean mosaic virus = BMV
mottle = Mo Bean mottle virus = BMoV
► ringspot: Rs and/ or R
► symptomless: S2 veya S
► konukçu bitkinin isminin son harfi, ikinci sessiz harfi veya ikinci/ üçüncü harfi küçük olarak kısaltılır.
Örn. Cardoman mosaic VİRUS: CdMV
e.Tek kelimelik kısaltmalarda iki harfi geçmemeli.
f. Çok uzun harfli isimlerde kısaltmalar açıklayıcı olmalı; genellikle 5 harfi geçmemeli. Bazı durumlarda 6’yı geçebilir. Örn. CGMoMV
g. belli bir bitki türüne adapte edilmiş belli (özel) kelimeler kombinasyonu, aynı konukçuyu içeren virüs isimlerinin yeni kısaltmaları da aynı kombinasyonu içerecektir.
h. birçok virüsler aynı ismi sahip, ancak numaralarla ayırd edebiliyorsa, virüsün kısaltması da harf ve numarayla belirtilir ve birbirinden (-) işaretiyle ayrılır.Örn. GLRV-1
I. Eğer virüsler harflerle ayırd ediliyorlarsa kısaltmaların sonuna, (-) işareti olmaksızın yazılırlar.
J. Eğer virüs ismi bir hastalık ismiyle ifade ediliyoruz hastalıkla “asosye (associated)” anılıyorsa, kısaltma içerisine “av” konulur.
k. şayet bitki ismi iki büyük harfle kısaltılmış yazılıyorsa bu kullanım istisna olarak kalır:Cowpea rugose mosaic virus: CPRMV
Virüs Taksonomisinde Kullanılan Belirleyici Faktörler
1. Virion özellikleri:
A. Virionun morfolojik özellikleri :
- Büyüklük
- Şekil
- Zarın varlığı veya yokluğu
- Kapsomerik sitmetri ve yapı
B. virionun fiziksel özellikleri:
- Moleküler kitle
- Yoğunluğu
- Sedimentasyon (çökelme) katsayısı
- pH stabilitesi
- Termal (ısı) stabilitesi
- Katyon (Mg+2, Mn+2,Cd+2) katsayısı
- Çözünürlük stabilitesi
- Deterjan stabilitesi
- Radyasyon stabilitesi
C. Genom Özellikleri:
- Nükleik asit çeşidi (DNA/RNA)
- Sarmal durumu (tek sarmal /çift sarmal)
- Düz veya dairesel
- Yükü: pozitif, negatif
- Segment sayısı
- Genom veya genom segmentlerin büyüklüğü
- 5’ sonun çeşidi, 5’ sonun olup olmaması
- 5’ sonun kovalent bağlı polipeptidlerinin olup olmaması
- 3’ sonunda poly (A)’ nın olup olmaması
- Nükleotid dizinlerinin kıyaslanması
D. Proteinlerin özellikleri:
- Sayısı
- Süyüklüğü
- Fonksiyonel aktiviteleri
- a.a. dizinleri kıyaslanması
E. Yağlar:
-Varlığı/yokluğu
- Yapısı
F. Karbonhidratlar:
-Varlığı/yokluğu
-Yapısı
2. Genom organizasyonu ve replikasyonu:
-Genom Organizasyonu
-Nükleik asit Replikasyonu Stratejisi
-Transkripsiyon özellikleri
-Translasyon ve translasyon sonrası işlemleri öz.
-Virion proteinlerin akümülasyon yönleri, birleşme yerleri olgunlaşma ve ayrılma yönleri
-Sitopatoloji, yapı oluşumları
3. Antijenik Özellikleri:
-Serolojik ilişkiler
-Epitopların haritası
4. Biyolojik Özelikler:
- Doğal ve deneysel konukçu dizinleri
- Patojeniteleri, hastalıkla ilişkileri
- Dokuda bulunuşları, patoloji, histopatoloji
- Doğada yayılma yolları
- Vektör ilişkileri
-Coğrafik dağılım
Farklı Virüs Taksonomisi
Oluşturan Kriterleri
1.TAKIM:
- Biyokimyasal Kompozisyon (yapıları)
- Virüs replikasyon stratejileri
- Partikül yapıları
- Genel genom organizasyonları
2. SINIF :
- Farklı cinsler arasındaki ortak öz. İçerenler
- Biyokimyasal yapı
- Virüs replikasyonu stratejisi
- Partikül yapının doğası
- Genom organizasyonu
3. CİNS:
Bir cinsle ortak özellikleri içeren:
-Virüs replikasyon stratejisi
-Genom büyüklüğü, organizasyonu ve/veya segment sayıları
-Dizin homolojisi
-Vektörle taşınma
4. TÜR:
Bir tür içerisinde ortak öz. içerenler :
- Genomun tekrarlanabilir yapıda olması
- Dizin homolojisi
- Serolojik ilişkiler
- Vektörlerle taşınma
- Konukçu dizisi
- Patojenite
-Dokudaki durumu
-Coğrafik dağılımı
VİRÜS NÜKLEİK ASİDİNİN GENEL YAPISI
Bitki virüslerinin çoğu RNA içerir, ancak bazılarının DNA içerdiği de bilinmektedir.
80 adet DNA virüsünün olduğu bildirilmektedir
Hem RNA hem de DNA uzun zincir şeklinde yüzlerce molekülden meydana gelmiştir.
Her nükleotid 5 C’lu şekere bağlanmış “baz” adı verilen bir halkadan yapılmıştır.
5 C’lu şeker sarmal yapının her kıvrımında fosforik aside bağlanır.
Helix (sarmal) yapıdaki viral nükleik asitler farklı polariteye (yüke) sahiptir. (+) veya (-) işaretleriyle ifade edilirler.
(-) yüklü moleküllere sahip virüs grupları;
Rhabdovirus, Bunyavirus, Paramyxovirus, Orthomyxovirus.
FONKSİYONEL ÖZELLİKLERİNE GÖRE NÜKLEİK ASİTLER
1. GENOMİK RNA/DNA: İnfeksiyonun gerçekleşmesiyle yakından ilişkilidir. Bitki virüslerinin genomik nükleik asit yapıları;
-linear (uzun), tek sarmallı RNA (ssRNA) (+): Tombusvirus, Potyvirus, Luteovirus
-linear (uzun) tek sarmallı RNA (ssRNA) (-): Rhabdovirus
-linear (uzun) çift sarmallı RNA (dsRNA): Reovirus, Crytovirus
-dairesel tek sarmallı DNA (ssDNA); Geminivirus
-dairesel çift sarmallı DNA (dsDNA); Caulimovirus, Badnavirus
2. SUBGENOMİK RNA: Tek genden yapılmış genomik RNA’nın mesajcı kısmıdır.
3. TESİRLİ OLMAYAN RNA: Küçük moleküllü, 5’ ve 3’ terminal sonlar arasında kapanmış genomun birbirine bitişik olmayan paraçacıklarıdır.
4. SATELLİT (UYDU) RNA: Özel nükleotid dizinleriyle oluşmuş, küçük moleküllü yapılar.
FARKLI PROTEİN KILIF YAPISI VE NÜKLEOTİDE SAHİP
VİRÜS GRUPLARI
PROTEİNİN TEMEL GÖREVLERİ
- Nükleik aside koruyuculuk görevi yapar
- Vektörlerle taşınma özelliğini belirler
- Bitkide sistemik yayılımı sağlar
- Simptom oluşumunda etkilidir.
-
VİRÜS YAPISINDA BULUNAN PROTEİN ÇEŞİTLERİ
1. YAPISAL PROTEİN (PROTEİN KILIF)
- Dış yapıdadır, nükleik asidi sarar
- Protein kılıf, protein asit birimlerince (molelük ağırlığı: 20-40 kda) oluşturulur, sayıları
Virüslere göre değişiklik gösterir
- Protein alt birimleri genelde 150-600 a.a. ten oluşmuştur.
2. YAPISAL OLMAYAN PROTEİNLER:
virüs partikülünde bulunmazlar.
(i) Enzimatik fonksiyonlar
(ii) Membran fonksiyonları
(iii) Transfer fonksiyonu
(iv) Transmisyon (taşınma) fonksiyonu
(v) Patojenik fonksiyon
*nükleik asitleri çevreleyen zarları lipoprotein olan virüslerde yapısal lipid miktarı %4 ile %5-25
Arasında değişip, bazılarında %37’ye çıkar.
SATELLİTİZM
Kendi kendilerine çoğalabilme yeteneğine sahip olmayan, tek başlarına infeksiyon
Yapamayan dışsal RNA’lardır.
İki tip satellit (uydu) RNA vardır:
(i) satellit virüs: kendi protein kılıflarıyla çevrili moleküllerini kodlarlar
-tek sarmallı, küçük yapılı mesajcı RNA’ya sahiptir
-RNA replikasyonları yardımcı virüslere bağlıdır
-konukçu hücre içinde kendi RNA’larını kullanarak çoğalırlar
Bilinen yardımcı virüsler; tütün nekroz virüsü (Tobacco necrosis virus, TNV), tütün mozayik virüsü (Tobacco mosaic virus, TMV)
(ii)satellit RNA: molekülleri, yardımcı virüslerin protein kılıfıyla çevrili olanlar.
-linear, yüksek molekül ağırlığına sahip (500 K kadar) mesajcı moleküller (nepovirüslerin satellitleri)
-linear, düşük molekül ağırlığına sahip (200-250 K) mesajcı olmayan moleküller (Tombusvirus ve Carmovirus grubu virüslerin satellitleri)
-linear ya da dairesel, mesajcı olmayan moleküller, molekül ağırlıkları <150K (Cucumovirus, Nepovirus ve Sobemovirus grubu üyelerin satellitleri)
Bitki Virüs Cins ve Sınıfları
A. Coulimoviridae sınıfı:
- Tersine transkripsiyonla çoğalan bütün bitki virüslerini içerir
- Dairesel, çift sarmallı DNA
- DNA’sında boşluklar veya spesifik bölgelerde kesintiler var
- Bu sınıfta 6 cins var, iki gruba ayrılır.
1)Caolimovirüsler; izometrik partiküllü
2)Badnavirüsler; çubuk şekilli partiküllü
►Bu cinsler, genom organizasyonlarındaki farklılıklardan dolayı ayrılmıştır.
Cinsler:
a-Caumlimovirus
b-Soya fasulyesi klorotik mozayik virüs
c-Cassava damar mozayik virüs
d-Petunya damar açılması virüs-benzeri
e-Badnavirus
f- Pirinç tungro bacilli form virus
B. Geminiviridae sınıfı:
- Dairesel, tek sarmallı DNA
- Genomları, tam olmayan ikozahedral şeklinde ikiz partiküllü
- Bu sınıf 4 cinsten oluşur. her biri diğerinden genom organizasyonları ve vektörle taşınmalarına göre ayrılır.
a. Mastrevirus
b. Curtovirus
c. Begomovirus
d. Topocuvirus
C. Circoviridae sınıfı:
- İki ayrı cinse ayrılır. İlk grupta cinste olanlar hayvanları, diğer cinste olanları bitkileri hastalandırır.
- Partikülleri küçük, 17-22 hm
- İkozahedral şekilli; küçük-dairesel, tek sarmallı DNA
* Nanovirus
D. Reoviridae sınıfı:
►Bitkileri, omurgalı ve omurgasızları hastalandıran virüs cinslerini içerir
►Bazıları sadece omurgalıları, bazıları hem omurgalı hem omurgasızları hastalandırır. Bitkileri infekteleyenlerse, omurgasız vektörüde infekteleyebilirler.
►10,11 ve 12 segmenti düz, çift sarmallı , RNA (cinsi bağlı)
►Bitkileri infekteleyen üç cins vardır. Cinsler birbirinden genom segmentlerinin sayısı ve yapısına göre ayrırd edilir.
a) Fijivirus
b) Oryzavirus
c)Phytoreovirus
E. Partiviridae sınıfı:
- Küçük, izometrik, zarı olmayan partiküllü
- Partikülleri 30-40 nm çapında
- Çift sarmallı RNA, iki segmentli, küçük olanı protein kılıfı, büyük olanı RNA- bağımlı RNA polimeraz enzimi kodlar.
- Fungusları/bitkileri infekteleyen iki ayrı cinse sahip; bitleri infekteleyenler” kriptik virüsler” (simptom oluşturmayan, çok az simptom oluşturan) olarak bilinir.
- Aşıyla taşınmazlar
- Biyolojik vektörleri yok
- Tohumla taşınırlar
- Bit.de hücre bölünmesinin artmasıyla sistemik infeksiyon olarak ilerler.
a. Alphacryptovirus b.Betacryptovirus
F. Sınıf ismi bulunmayan:
- Varicosavirus cinsi (Marul büyük damar virüsü)
-Çubuk şekilli virionları, 320-360 nm
-İki çift sarmallı RNA’sı var
-Fungusla (Olpidium spp.) taşınır.
G. Rhabdoviridae sınıfı:
-Kurşun şekilli veya membran zarlı bacilliform (silindirik)
-Dış yüzeyi glikoprotein, iç yüzeyi bir tek protein katmanı
-Sarmal (helix) yapıda düzenlenmiş nükleokapsid var
-Nükleokapsid (-) sarmallı RNA
-Hayvanları infekteleyen virüslere benzeyen, bitki infekteleyen Rhabdovirüsler iki cinsten oluşur.
-Bit. infekteleyen rhabdovirüsler böceklerle sirkülatif, propagatif şekilde taşınır.
-Bilinen böcek vektörleri: yaprak pireleri, bitki pireleri, yağ bitleri
a. Cytorhabdovirus b. Nucleorhabdovirus c. belirli değil
H. Bunyaviridae sınıfı:
-Oldukça büyük bir virüsler sınıfıdır.
-Hem omurgalı hem omurgasızları infekteleyen virüsleri içerir,
-Bitkileri ve bit.in omurgasız vektörlerini infekteleyen bir cinse sahiptir.
-Partikülleri yuvarlak veya pleomorfik şekilli
-Çift lipid zar içerisine gömülü glikoproteinle kaplıdır.
1.Tospovirus (Domates lekeli solgunluk virusu, tom SWV)
I. SINIF adı yok:
Bunyaviridae’ ye benzeyen ancak hakkında yeterli bilgi olmayan iki cins bulunur.
1)Tenuivirus (Pirinç çizgi virüsü)
2)Ophiovirus (Turunçgil psorosis virus)
J. Bromoviridae sınıfı:
-Partikülleri izometrik, 26-35 nm çapında
-Bacillus şeklinde olabilen partiküllerinin simetrisi ikozahedral bağlıdır.
-Düz, (+) ssRNA, üç moleküle ayrılmış molekülleri var.
-Subgenomik RNA’ları, protein kılıfla kaplıdır. Bazı üyeleri aynı zamanda satellit RNA’ları da çevreler
1)Bromovirus (Broma mozayik virüsü)
2)Cucumovirus (Hıyar mozayik virüsü)
3)Altamovirus (Alfalfa mozayik virüsü)
4)İlarvirus (Tütün çizgi virüsü)
5)Oleavirus (Zeytin latent virüsü -2)
K. Comoviridae sınıfı:
- İzometrik partiküllü
- Protein kılıfı 1 veya 2 protein kılıf türünden ayrılmış ve iki tane (+) ssRNA’yı çevreler.
1. Comovirus 2. Fabovirus 3. Nepovirus
L.Potyviridae sınıfı:
-Partikülleri uzun,kıvrımlı (650-900 nmx11)
-(+) ssRNA
-Genomları poliprotein olarak eksprese edilir
-Potyviridae sınıfındaki bütün üyeleri, infekteli hücrelerde silindirik yapılar halinde gözlenir.
-Çeşitli vektörlerle taşınır
1)Potyvirus (Patates Y virüsü)
2)Ipamovirus
3)Macluravirus
4)Rymovirus
5)Tritimovirus
6)Bymovirus
M. Tombusviridae sınıfı:
-Partikülleri izometrik, ikozahedral (32-35 nm)
-(+) ssRNA (3.7-4.7 kb)
-Bu sınıfın üyeleri, dar konukçu dizisine sahip; mono- veya dikotiledonları infekteler,her iki grup bitkilerde infeksiyon yapanları yok.
1. Tombusvirus 5. Machlamovirus
2. Auresvirus 6. Necrovinus
3. Avenavirus 7. Panicovirus
4. Carmovirüs 8. Dianthovirüs
N. Sequiviridae sınıfı:
-İzometrik partiküllü (30 nm)
-(+) ssRNA (9-12 kb)
-Partikülleri üç protein türünden yapılmıştır. Mol. Ağ. 32,26 ve. 23 kDa.
1. seqwivirus 2. waskavirus
O. Closteroviridae sınıfı:
-Uzun, kıvrımlı, partiküllü; uzun partiküller bu sınıfın en belirgin özelliği
-Genomik n.a. linear (düz), (+) ssRNA (tek veya çift parçalı olarak cinse göre değişiyor)
-Üyelerinin konukçu dizisi dar.
-Genelde floemde lokalize oluyor
-Tipik olarak sarıyor benzer simptomlar, odun dokuda çıkıntılar veya oluklu yapılar meydana getiriyor.
-Taşınma şekillerine göre yaprak biti, beyaz sinek ve unlu bitli taşınanlar olarak tekrar sınıflamaları yapılabilir.
1 .Closterovirus 2. Crinivirus
P. Luteoviridae sınıfı:
-İzometrik, ikozahedral partikülleri (25-30 nm)
-Partiküllerin dış yapısında hekzagonal, 21-23 k.da ağırlığında tek bir protein türünün 180 adet birimini içerir.
-(+) ssRNA (5.7-5.9.k. da)
-Bu sınıfın pek çok üyesi floemde lokalize olur, “sarılık benzeri” simptomlar verir
-Yaprak bitleriyle spesifik olarak sirkülatif, ancak propagatif olmayan yolla taşınırlar.
1. Luteovirus 2. Polerovirus
3. Enamovirus 4. isimlendirilmemiş cins
Q Henüz sınıfları belirlenmemiş (yüzen=floating) cinsler:
►Yaklaşık 20 kadar, (+) ssRNA’ya sahip virüs, belirli bir sınıfta toplanamadı.
1. Tobamovirus 10.Furovirus 19.Curmiavirus
2. Tobravirus 11.Peduvirus 20.Umbravirus
3. Potexvirus 12.Pomovirus
4. Carlovirus 13.Benyvirus
5. Alexivirus 14.Hordeivirus
6. Capillovirus 15.Sobemovirus
7. Foveavirus 16.Marafivirus
8. Trichovirus 17. Tymovirus
9.Vitivirus 18.Idceovirus
ALÇAK YAPILI BİTKİ VİRÜSLERİ
A. Yosun virüsleri:
- Phycodnaviridae sınıfında bulunan büyük bir virüs grubu yosunları infekteler. Morfolojik olarak TMV’ye benzerler.
- 1 veya 2 tane henüz karakterizasyonları yapılmamış virüslerinde var.
1. Büyük yosunsal virüsler:
-Virüs benzeri yapıları Chlorophyceae, Rhodophyceae ve Phaeophyceae türlerine ait ökaryotik yosunların ince kesitlerinde gözlenmiştir.
-Partikülleri poligonal (22-39 onm)
-Bu virüslerin en çok araştırılanı chlorella-benzeri yeşil yosunlarda infeksiyonu yapanıdır.
2. Küçük yosunsal virüsler:
- Ökaryotik yosun Chara australis yosununu infekteleyen tek bir virüs tanımlanmıştır.
- Çubuk şekilli, bazı özelliklerinden dolayı tobamovirüslere benzerler; ancak genomları daha büyüktür.
B. Fungus Virüsleri:
►Beş viral sınıfın temsilcileri fungusları infekteler. İzometrik partiküllere (60 nm çap) sahiptirler; dsDNA (16.8 kbp) su fungusları Rhizidomyces lerde bulunan virüs Rhizidovirus cinsine aittir.
►Stres koşullarında aktive olan fungal zoosporlarda latent formda taşınır.
►dsRNA’ya sahip fungus virüsleri üç sınıfta bulunur. Hypoviridae sınıfında olan üyeler pleomorfik yapıda 50-58 nm çapındadır
►Sınıflardan bir tanesi (+) ssRNA’ya sahip ve Barnaviridae adını alır. Basillus şekilli partikülleri 18-20 nm genişlik, 48-53 nm uzunluğunda
►dsRNA’ya sahip olanları fitopatojenik fungusların biyolojisini önemli ölçüde etkiler. Pek çok durumda “kriptik” olabilirken, bazıları funguslara toksik maddeler salgılatır; bazıları patojenik funfusların virülentliğini azaltır.
VİRÜS İNFEKSİYONU, YENİ VİRÜS SENTEZİ
Mekanik olarak yara dokularından, vektörlerle ve infekteli çiçek tozu danecikleriyle
ovul içerisine depolanmasıyla taşınırlar.
Epidermis ve floem hücreleri potansiyel olarak infektelenen hücrelerdir.
Protein kılıf yapıdan Ca++ iyonlarının yok olmasıyla, kılıf ortadan kalkar.
MEKANİK TAŞINMA
Virüs infekteli bitkilerin özsularının doğrudan başka bir bitkiyle temasıyla doğada
Virüslerin mekanik taşınması pek yaygın değildir.
Birbirine bitişik denecek kadar yakın dikilmiş sağlıklı ve hastalık taşıyan bitkilerin
yapraklarında, dallarında yaralar açılmasıyla, arazideki kültürel işlemler sırasında açılan yaralarla, ellerle, giysiler veya hayvanlarla taşınırlar.
ÖRN. Patates X virüsü, Tütün mozayik virüsü, Hıyar mozayik virüsü
Kontrollü yapay ortamlarda virüslerin mekanik taşınması, bitki hastalıklarına yol açan
virüslerin üzerinde çalışmalar yapılması açısıan önemlidir.
Sıklıkla kullanılan otsu indikatör bitkiler; Cucurbitaceae, Solanaceae, Chenopodiacea
Virüs partiküllerinin izole edilebileceği dokular:
Genç yapraklar, çiçek tablaları, çiçekler, floem kazıntıları. Mekanik inokülasyondan
Önce bitkilere kömür tozu, celite veya karborandum serpilir. Kontrollü ortamlarda yapılan
Bu işlemden sonra bitkilerde simptom belirmesi için bekletilir.
VİRAL HASTALIK AJANLARININ TAŞINMA YOLLARI
Böceklerle taşınma: Virüslerin doğada taşınmaları ve yayılmalarında en etkili yoldur. Yaklaşık 29 takıma ait böcek tarafından taşınma meydana gelir. Bunlar:
(i) Collembola- çiğneyici ağız yapısına sahip, yeşil bitkiler üzerinde beslenirler
(ii) Orthoptera- çiğneyici ağız yapısına sahip, yeşil bitkiler üzerinde beslenirler ,
(iii) Dermaptera- çiğneyici ağız yapısına sahip, bir kısmı yeşil bitkiler üzerinde beslenirler,
(iv) Coleoptera- çiğneyici ağız yapısına sahip, birçoğu yeşil bitkiler üzerinde beslenirler ,
(v) Lepidoptera- çiğneyici ağız yapısına sahip, larvaları yeşil bitkiler üzerinde beslenirler,
(vi) Diptrea- larvalarının bir kısmı yeşil bitkiler üzerinde beslenir,
(vii) Hymenoptera- larvalarının bir kısmı yeşil bitkiler üzerinde beslenir,
(viii) Thysanoptera (thrips)- emici ağız yapısına sahip,
(ix) Hemiptera- yeşil bitkilerde emici ağız yapısına sahip.
Böcek grupları içerisinde yaprak bitleri virüs taşınmasında en etkili olanlarıdır. Yaprak bitlerinin ağızları iki parçalı, hareketli stilete sahiptir.
Bu böcek türleri genellikle sokucu-emici ağız yapısına sahiptir.
TAŞIMA ÖRNEKLERİ
Sokucu-emici ağız yapısına sahip olmayan böceklerde virüs taşınma durumu, biyolojilerinden ziyade mekanik olarak meydana gelmektedir. Bu duruma uymayan tek grup ise Coleopter’lerdir.
(i) Perzistent olmayan taşınma: 100’den fazla bitki virüsü perzistent olmayan yolla taşınmaktadır.
Bu virüsler genellikle 1 dakika dan daha az bir zaman içerisinde virüs infeketli bitkilerden vektör tarafından yakalanması ile kolayca elde edilirler. Böcek gecikmeksizin eşit hızda (aldığı hızda) virüsü diğer bitkiye inoküle edebilir. Böylece taşınma çok kısa zamanda gerçekleşir.
Vektör genellikle virüsü sadece birkaç dakika veya saat vücudunda barındırır.
Taşınan virüs vektörün orta bağırsağına girmez ve bu nedenle vektör deri değiştiridiğinde virüsü kaybeder.
Bunun yanıısıra bir yere kusma (geri çıkarma) hipotezi perzistent olmayan taşınmayı açıklayacak şekilde düzenlenmiştir. Özsu alınırken yutulan virüs daha sonra beslenme veya yoklama sırasında (beslenmeden önce böcek tarafından bitkinin yoklanması) ön barsaktan dışarı atılır.
Deneysel koşullarda taşınma işlemlerinde vektörler konukçularından alınıp virüs enfekteli bitkiler üzerine konulmadan önce birkaç saat aç bırakıldıklarında virüs alımı artar. Açlık peryodu vektör davranışına göre değişir.
Genel olarak perzistent olmayan yolla taşınan virüsler süreklidir ve konukçu bitkilerin epidermal hücrelerinde gittikçe artan bir konsantrasyon içinde bulunurlar.
Pratik olarak tüm perzistent olmayan taşınma (%98) yaprakbitleriyle gerçekleşir.
ii) Yarı perzistent taşınma: Sadece birkaç virüs, yarı perzistent yolla böceklerle taşınırlar.
Elde etme ve inokülasyon da gerekli süre, perzistent olmayanlar için gerekli süreden daha az olup, genellikle birkaç sn. ile 1 saat arasındadır.
Yarı perzistent taşınan virüsler, böceğin kabuk değiştirmesinden sonra bile böcekte kalabilirler. Vektör virüsü almak için kaynak bitkide uzun süre beslenir ve daha uzun sürede virüsü inoküle edebilirler. Uzun beslenme sırasında elde etme etkinliğini yitiren perzistent olmayan virüsler için bu geçerli değildir.
(iii) Perzistent taşınma: 80’den fazla bitki virüsü, tüm bitki MBO ve RBO sirkülatif ya da perzistent olarak birkaç farklı vektör taşıyıcı ile taşınırlar.
Patojen hasta bitkiden çok uzun sürede genellikle 1 saatten daha fazla bir süre ile 1 günlük sürede alınırlar.Etkili bir inokülasyon için benzer süreye gereksinim gösterirler. Bu patojenlerin vektör içinde latent peryodunda taşınma meydana gelmez.
Latent peryodu saatler, günler ve haftalarca sürebilir. Sirkülatif olarak adlandırılan bu taşınmada virüs-vektör vücudunda sirküle edebilir. Bu virüsler orta barsak yoluyla vücut boşluğuna girer ve böylece gömlek değiştirme sırasında vücutta kalır.
Sirkülatif-nonpropagatif şeklinde tanımlanan virüsler, vektör içinde çoğalmazlar ve sirkülatif-propagatif şeklinde tanımlanan virülse için çoğalırlar. Bu terimler sık sık sırasıyla sirkülatif ve propagatif olarak kısaltılır.
Perzistent taşınma sözcüğü her iki taşınmayı kapsar ve virüslerin vektör vücudunda uzun bir süre kalabileceği gerçeğini bize verir. Sirkülatif-nonpropagatif virüsler, vektörlerinin vücudunda sirkülatif-propagatif virüslere göre daha kısa latent peryoduna sahiptir.
Çoğalan virüs, vektörünün yaşamı boyunca vücudunda kalır ve yumurtalarla bazen dölden döle geçer (transovarial taşınma).
Perzistent yolla taşınan birçok virüs, konukçu bitkilerinin floem ya da ksileminde bulunur, bu yüzden mekanik olarak taşınmazlar. Ağız parçalarıyla vasküler demete ulaşmak için gerekli olan zaman uzunluğu perzistent olmayan virüslerden neden daha fazla elde etme ve inokülasyon süresine sahip olduklarını açıklamaya yardım eder.
Virüs-vektör özelleşmesinin derecesi genellikle perzistent taşınma halinde yüksektir, çünkü virüs-vektör interaksiyonu ve virüs almak için bitki üzerinde vektörün beslenmesi için gereken zaman uzunluğu sıkı sıkıya birbirine yakındır.
En çok görülen taşınma şekli perzistent ve perzistent olmayan taşınmadır. Bunların herbiri çok yaygın epidemiler meydana getirebilir. Perzistent olmayan taşınma infekteli bitkilerden çevredeki sağlam bitkilere daha hızlı yayılmaya neden olur. Ancak virüslerin daha uzun mesafelere taşınmasında daha az etkilidir
Nematodla taşınma: Bitki virüs hastalıklarının nematodlarla olan ilişkilerini içeren ilk gerçek çalışmalar 1958 yılında Hewitt ev ark. Tarafından başlatılmıştır. O tarihe kadar nedeni tam olarak bilinmeyen ve asmalarda “kısa boğum hastalığı”nın Xiphinema index tarafından taşındığı ortaya konmuştur.
Bu çalışmayaı daha sonra çeşitli ülkelerden de diğer nematod türlerinin virüslerle ilişkileri üzerine yapılan araştırmalar izlemiş ve yeni virüs vektörleri literatüre eklenmiştir.
Bugün 19 nematod türünün serolojik olarak birbirinden farklı bir çok virüs hastalığını taşıdığı bilinmektedir.
Ülkemizde tarım yapılan kültür kültür bitkilerinde nematodların beslenmesinden dolayı ortaya çıkan zarar istatistiki olarak bilinmiyor.
Nematodla taşınan virüslerin geniş konukçu spektrumu vardır. Nematodla taşınan bazı virüsler polen ve tohumlarla da taşınırlar. Mekanik olarak hasta bitkilerden sağlam bitkilere de taşınırlar.
Ektoparazitik nematodla taşınırlar. Bunlar; Longidorus, Paralongidorus, Xiphinema (X. index, X. italia, X. diversicaudatum) cinsi
nematodlardır. Bu virüsler Nepovirus cinsi virüsler olarak bilinirler.
Nematodlar virüsleri infekteli bitki köklerinden beslenerek alırlar.
Genel olarak oluşturdukları simptomlar:
(1) Nematodla taşınan virüs hastalıkları arazide yeknesak bir bitki örtüsünün oluşmasını engeller. Sıra arası ve sıra üzerinde yer yer kurumuş bitkiler olması nedeniyle boşluklar meydana gelir.
(2) Arazide infeksiyon, hastalığın başladığı ömerkezden çevreye doğru yayılır
(3) İnokulum kaynağı, tarla sürülse bile uzun zaman kalabilir.
Nematodla taşınan virüsler, partikül şekillerine göre sınıflandırılırlar:
NEPO- nematodla taşınan ikozahedral biçimde partikülü olanlar
NETU- nematodla taşınan (tubuler) çubuk veya silindirik şekilli virüsler. Bu gruba torba virüsleri de denilebilir.
NEPOVIRUSLER: Bu gruba giren virüslerin şekilleri ikozahedral yapıdadır. Vektörleri Xiphinema, Longidorus cinsi nematodlardır.
Serolojik olarak birbirlerinden farklı olmalarına rağmen konukçu dizileri, fiziksel özellikleri ve oluşturduğu simptomların biçimleri bakımından benzerlik gösterirler.
Bu gruptaki virüslerin partikülleri ikozahedral yapıda, 25-30 nm çapındadır.
Xiphinema türleriyle taşınan bu gruptaki virüsler: Arabis mozayik virüsü, Brome çayır mozayik virüsü, Asma kısa boğum virüsü, Çilek latent halkalı leke virüsü, Domates halkalı leke virüsü…
Longidorus türleriyle taşınan bu gruptaki virüsler: Ahududu halkalı leke virüsü, Tütün halkalı leke vrisüsü, Domates siyah halkalı leke virüsü…
NETUVIRUSLER: Bu gruptaki virüslerin partikülleri çubuk veya silindirik şekillidir. Vektörleri Trichodorus (T.allius, T.christiei, T.prosus) türleridir.
Bu grupta olan nematodla taşınan virüsler: Tütün ratıl virüsü, Bezelye kahverengileşme virüsü,…
VEKTÖRLERİN ÖZELLİKLERİ
Morfolojik olarak stiletlerinin uzantıları hariç Xiphinema ve Longidorus türleri hemen hemen birbirlerine benzer. İki cins de Dorylaimidae familyasına bağlıdır.
Stiletleri yaklaşık 200 µ uzunluğundadır, en uzun bitki paraziti nematodları arasındadır.
Bazı Longidorus ve Xiphinema türlerini birbirinden ayrıan başlıca özellikleri Longidorusların stiletleri uzun, Xiphinema’ların stiletleri bir yaka kısmı meydana getirmektedir.
Kök uçlarında beslenmelerinden dolayı, kök uçlarında nekrozlar oluşur. Vektör-konukçu ilişkisine göre kök uçlarında urlar da meydana gelebilir.
Trichodorus türleri bitki parazit nematodları içerisinde orta büyüklükte olan nematodlardır. Konukçu bitkilerin köklerinde fazla saçaklar oluşturur. İnfekteli bitki kökleri şişer.
Virüs vektörü olarak Longidorus ve Trichodorus türleri otsu, diğerleri odunsu bitkilerde beslenmeyi tercih ederler.
Virüs taşıyan nematodlar sağlıklı bitkilere ilerleyip beslenmeye devam ederek virüsleri taşır.
Ergin ve genç nematodlarla taşınma meydana gelir. Nematod yumurtaları virüs taşımazlar.
Virüs infekteli bitki materyalleriyle taşınma: Bitkilerin vejetatif olarak kalemler ya da gözlerin aşılanmasıyla, yumrularla, soğanlarla, rizomlar (kök parçacıkları), kollar vasıtasıyla çoğaltıldıkları durumlarda, eğer ana bitkilerde virüs mevcutsa dölde ya da bitkide muhakkak virüs bulunacaktır.
Bütün meyve ağaçları, ağaç veya çalı formundaki süs bitkileri, pek çok tarla ürünleri (pataes gibi) ve birçok salon bitkisi vejetatif olarak çoğaltıldıklarında virüs taşınması/yayılması kaçınılmazdır.
İnfekteli bir bitkiden alınan gözler veya aşılanacak materyallerin virüs taşıması aşı uyuşmazlıklarına/aşı tutmasına neden olacaktır.
Virüslerin taşınması aynı zamanda birbirine bitişik bitkilerin doğal olarak aşılanmasıyla da taşınırlar. Bazı meyve bahçelerinde, pekçok ağaçta hastalıklara neden olan virüslerin yayılması ağaçtan ağaca bu şekilde kolayca olacaktır.
Tohumla taşınma: >100 virüsün tohumlarla taşındığı bilinmektedir.Bazı virüs infekteli konukçulardan alınmış tohumların küçük bir kısmında (%1-30’luk kısmı) virüs bulunması, taşınması gerçekleşecektir.
Bazı konukçu-virüs ilişkisinde tohumların yarısı ya da büyük çoğunluğu taşıyabilirken, diğerlerinde bu tohumun tamamının virüs taşınması şeklinde olabilir.
Tahumla taşınmanın sıklığı; (i) konukçu/virüs kombinasyonuna, (ii) ana bitkinin virüsle infektelendiği andaki büyüme dönemine göre değişiklik gösterir. Ancak bazı durumlarda tohumda virüsün bulunması, döllenmiş çiçeklerdeki polenlerden dolayı olabilir.
Bazı virüs/konukçu ilişkisinde, virüs tohumun integümentlerinde taşınır ve fidanları çimlenme esnasında infekteler.
Çiçek tozlarıyla taşınma: Çiçek tozlarıyla virüs taşınması meyve azlığına neden olurken, tohumu ve daha sonra oluşacak fide ve/veya fidanı da infekteler. Çiçeklerin infekteli çiçek tozlarıyla döllenmeleriyle yayılırlar.
Örn. Prunus nekrotik halka leke virüsüyle infekteli çilek ve vişne ağaçlarında görülebilir.
Küskütle taşınma: Küsküt yurdumuzun bir çok yerinde çin saçı, şeytan sakalı, sarı sarmaşık gibi isimlerle adlandırılan tek yıllık parazit bir bitkidir.
Klorofilden yosun olması nedeniyle fotosentez yapamaz ve kültür bitkilerinde parazit olarak yaşar.
Bir küsküt bitkisi yaklaşık 30.000 tohum verir ve bitkinin tohumları çimlenme güçlerini 10-15 sene kadar koruyabilir.
Pekçok bitki virüsleri bir bitkiden diğerine, bitkiler arasında köprüler oluşturacak şekilde parazitik bitki küskütlerinin (Cuscuta spp.), bitki gövdesine sarılmasıyla taşınırlar. Virüs genellikle pasif olarak küsküt bitkisinin floemi vasıtasıyla infekteli bitkiden sağlıklı olanına taşınırlar.
1940 yılında virüslerin küskütle taşınması rapor edildiğinden bu yana küskütle vriüs taşınması araştırmalarda çok yönlü şekilde kullanılmaya başlanmıştır. Küskütün, mekanik yöntemle taşınmayan virüsleri ve vektörleri bilşnmeyen veya vektörleri bilinipte, sınırlı konukçu çevresi olan virüslerin taşınmasında önemli rolü vardır.
Aşağıda isimleri belirtilen küsküt türleri, virüslerin taşınmasında kullanılmaktadır. Bunlardan Cuscuta campestris en yaygın olanıdır.
Diğerleri;
Cuscuta americana, C.california, C.campestris, C.chilensis, C.epilinum, C.apithymum, C.europea, C.gronovii, C.indecora, C.japonica, C.pentagona, C.trifolii….
Küsküt türleri, virüsleri taşıma gücü bakımından birbirinden farklıdırlar. Örn. Hardal mozayik virüsü Cuscuta californica tarafından C.subinclusa ya göre daha yüksek oranda taşınmaktadır.
Virüslerin taşınmasında virüssüz küsküt bitkilerinin kullanılması gerekir. Çünkü küskütler çeşitli virüslerin doğal konukçusudur. Bu nedenle kullanmada küskütün virüssüz olması gerekir. Küsküt bitkilerinin tohumları nemli büyütme dolaplarında çimlendirilir (toprak yüzeyinde). Çimlendikten sonra, uçları hasta bitkilere temas ettirilerek, virüs bulaşması sağlanır. Bir virüsün küskütle taşınması isteniyorsa, viürüsün konukçuya geçmesi, hareket etmesi, ondan sonra sağlıklı bitkiye geçmesi gerekir. İki yolla gerçekleşir:
(i) yavaş bir hareketle, protoplast yoluyla hücerden hücreye (bu şekilde hareket günde 2 mm yi geçmez)
(ii)hızlı bir hareketle, floem yoluyla olur (2.4 cm/dak)
Konukçu bitkiyle küsküt arasında, bir birleşme bağının oluşu anaç-kalem ilişkilerine benzer.
Küsküt gövdesi konukçu bitkiye temas ettiğinde küsküt gövdesi epidermisinden emici oluşum meydana gelir ve bitkiye sıkıca bağlanır. Köklere benzer, gerçek bir haustorium (emeçler) oluşur. Haustorium üzerindeki iplikçikler dokuya girer, konukçu hücresinde absorbe edilir. Bu iplikler ksileme, iletim demetlerine, bazıları besin nakleden borulara temas eder.
Haustorium dışındaki hücreler, konukçu ile sıkı bir bağ oluşturur. Haustorium hücrelerinin duvarları ince plazma ipliklerine sahip, bu iplikler dışarıdan içeriye girebilir.
Virüslerin küsküt yoluyla taşınması olayı hücreden hücreye hareketle ve floemle oluyor.
Virüslerin hareketi bir yönlü olmayıp, su ve karbonhidrat taşınması ile yakın bir ilişkisi vardır. Bir de doğrudan doğruya floem yoluyla virüslerin taşınmasında besin materyallerinin hareketi önemli olmakatdır.
Kenelerle taşınma: Sadece Eriophyidae familyasındaki kenelerle en azından 6 virüsün taşındığı bildirimektedir. Örn. Buğday çizgi mozayik virüsü veya buğdaygillerde hastalık yapan birkaçı gibi.
Keneler delici-emici ağız yapısına sahiptirler. Eriophyid keneleriyle virüs taşınması oldukça spesifik bir olaydır. Bu kenelerin herbiri sadece bir virüs için veya virüsler için bilinir.
Funguslarla taşınma: Bitki virüslerinin funguslarla taşınması iki nedenden dolayı önemlidir:
- bitki virüsler biyolojik olarak fungusların vektörlüğünden dolayı kendine özgü olarak görünür,
-hastalıklar önemli zararlara neden olur.
Bugüne kadar yapılan araştırmalar 6 fungus türünün 9 çeşit virüsü taşıdığı saptanmıştır. Farklı özelliklerinden dolayı fungus kökenli virüsler genellikle heteregenus gruptur; yani fungusla taşınan virüslerin morfolojik özellikleri birbirinden farklı bulunmuştur.
Fungusla taşınan virüslerin mekanik inokülasyonla da taşınması ve enfeksiyonu farklılık göstermektedir. Bazılarının mekanik taşınması mevcutken bazıları taşınamaz durumdadır.
Bu virüsler diğer vektör kökenli virüslerin neden olduğu gibi konukçu bitki üzerinde çeşitli simptomlar oluşturmaktadır. Konukçu bitkiye köklerden penetre olmaktadır.
Virüsler 3 ayrı sınıfa dahil funguslar tarafından taşınmaktadır:
1. Chytridiomycetes
Olpidium brassicae, O.cucursitacearum, Synchtrium endobioticum
2.Plasmodiophoromycetes
Polymyxa graminis, Spongospora subterranea
3.Oomycetes
Phythium ultimum
Bu funguslar taksonomik olarak birbirinden ayrılmaktadır.
Fungusların hepsi de hareket eden zoosporlara sahiptir, zoosporlar virsülerin vektörleridir.
Virüs zoosporun dış kısmına tutunur, bitki köküne de zoosporun girişiyle temas eder.
Ör. Marul iri damar virüsü, Olpidium brassicae ile taşınmaktadır.
VİRÜS SAFLAŞTIRMASI-İZOLASYONU
► Virüs partiküllerinin temel özelliklerini çalışmak için bitkiden hücresel bileşenlerinden ayırmak gerekir. Bu konuyla ilgili olarak ilk çalışmalar 1935 yılında başladı ancak çok zorluklar yaşandı.
► Virüs saflaştırması tam anlamıyla infeksiyon yapabilen partiküllerin sayısının, infeksiyon yapabilme özeliğine sahip olmayan partiküllere oranının arttırılmasıdır. Bu oran artışı küçük olduğu zaman, saflaştırma kısmî’dir.
► Pratik amaçlı olarak, bir virüs preparatı şayet infeksiyon yapabilecek kapasitesindeyse ve tespit edilebilirse, çalışma amacına göre saflaştırma kısmî veya tam yapılabilir.
► Ancak genel olarak araştırması yapılan virüsün fiziksel özelliği ve kimyasal yapısını belirleme amaçlı yapıldığı zaman konukçudan gelen proteinler ve kontaminantlar (bileşenler) dan ayrılması gerekir.
► Virüs saflaştırması için genel uygulanabilir bir kural yok. Protokoller (prosedürler) virüslere göre değişiklik gösterebilir. Bir vürüsün farklı ırklarında dahi değişiklikler olabilir.
► Bitki virüsleri homojenitesi ve saflığı hakkında uygulanabilirlikleri konusunda farklı uygulamalar var.
►Kimyasal anlamda, saf bir bitki virüs preparatı hazırlanması için standart bir yol yok.
► Hazırlanan bir virüs preparatında az/çok moleküller ağırlığı olan bitkiden gelen maddeler olmasa bile etkileyen başka faktörler vardır.
Bunlar;
a)Preparatların büyük çoğunluğu infektif olan ve olmayan virüs partikülleri içerir. İnfektif olmayanlar, işlem esnasında nükleik asit moleküllerin bir yada bir’den fazlasının yıkılmasından meydana gelir.
b)Virüs preparatlarının büyük bir kısmında, ana ırk dominant olmakla birlikte mutlaka mutant karışımlar vardır.Bu mutantlar RNA veya DNA’larının en azından bir yerlerindeki baz dizinindeki değişiklerden meydana gelir.
c) Pek çok virüsün saflaştırılmış preparatları bir veya daha fazla tamamlanmamış, infektif olmayan partiküller içeriyor olabilir.
d) Viral proteinler ve nükleik asitlerdeki yüklü gruplar yine kendileriyle asosye olmuş iyonlar içerirler. Saflaştırılmış virüs preparatlarında inorganik ve küçük organik katyonlar izolasyon işlemi boyunca kullanılan tampon çözeltileri ve diğer kimyasalların yapısına bağlıdır.
e) Bazı büyük virüsler, infektiviteleri boyunca partikül büyüklüklerini kaplar görünürler.
f) Virüs partiküllerinin bir kısmı, izolasyon sırasında değişikliğe uğrayabilir. Bu esnada enzimler protein kılıfa saldırırlar.
Başarılı bir virüs saflaştırması işleminin bağlı olduğu koşullar;
a) Virüs (kimyasal yapısı, morfoloji, partiküllerin yapısı ve büyüklüğü)
b) Konukçunun yetiştirildiği çevre koşuları
c) Kullanılan protokol
Bütün bitki virüslerine güvenli bir şekilde ve %100 başarılı sonuç verecek bir protokol yoktur.
Temel olarak virüs saflaştırma işleminde izlenecek temel aşamalar;
a)Virüs kültürünün hazırlanması
b)İnfekteli dokuların toplanması/depolanması
c)Virüs ekstraksiyonu
d)Ekstraktın temizlenmesi
e)Virüs izolasyonu/ konsantrasyonu
f)Virüsün bitki bileşenlerinden ayrılması
A.Virüs kültürünün hazırlanması
►Bunun için virüs ve konukçu gereklidir.
►Saflaştırılmış virüs miktarının yüksek olması düşürüldüğünde seçilecek (kullanılarak) virüs ırkı da önemlidir.
►Bazı virüs ırkları konukçusunda çok ciddi ve şiddetli simptomlar verirken, hafif şiddetle simptomlar veren virüse ait başka ırkları da olabilir. Bu durum şiddetli simptomlar verenlerin konukçu içerisinde hızlı çoğalıp yayılmasından kaynaklanıp konsantrasyonlarının yüksek olmasından dolayı olabilirken konukçunun fizyolojisinden de kaynaklanan bazı özellikler dolayısıyla da olabilir. Böyle bir durum da her zaman viral nükleoprotein üretiminin yüksek olduğunun ifadesi olabilir.
►Virüs konsantrasyonu daima biyolojik testlemelerle belirlenmelidir. (Öz suyunun seyretilmesi, testleme konukçusu üzerindeki lokal lezyonların sayılması gibi….)
B. Bitki materyalinin seçimi
-Denemede kullanılacak konukçu seçimi önemlidir.
-Virüs saflaştırması için en iyi olanı lokal lezyonların kullanılmasıdır.
-İlk araştırmalar için güvenilirlik bakımından hızlı gelişen simptomlar (lezyonlar) büyük avantajdır. Lokal lezyon oluşumu gerçekleşmezse, sistemik konukçu kısımları kullanılır.
-Mekanik inokülasyon (taşınma)‘nın mümkün olmadığı durumlarda, vektör böceklerle infeksiyonlar gerçekleştirilir.
Virüs saflaştırmasında kullanılacak ideal (uygun) bir konukçunun özellikleri:
a)Virüs çoğalmasını teşvik edici olmalı
b)Farklı çevresel koşullar altında kolayca büyüyebilmeli
c)Hızlı gelişebilmeli
d)Kolayca inoküle edilmeli
e)Engelleyiciler ve koyu renkli pigmentler (maddeler) taşımamalı
f)İnfektif olmayan proteinlerin miktarı düşük olmalı
g)Virüsün bütün ırklarıyla gerçekleşecek infeksiyonlara hassas olmalı
Kullanılan konukçular:
►Chenopodiacea, Cucurbitaceae, Solanaceae, Leguminaceae
►Doğal olarak infekteli bitkilerin virüs saflaştırması için kullanılmamasının nedenleri:
a)Bir’den fazla virüs ile infekteli olabilirler
b)virüs saflaştırmasını engelleyici fenolik bileşikler, tanen, sakız…gibi maddeler içerler.
►Kullanılacak konukçu bitkilerin büyüme ortamları önemlidir. Aktif olarak büyümesine devam eden genç dokular virüs infeksiyonuna daha duyarlı ve virüs çoğlmasını teşvik edicidirler.
►Yaşlı, odunlaşmış dokuya sahip ve yavaş büyüyen bitkiler;
Yüksek miktarda engelleyici bileşiklere sahiptir
a)Virüs partiküllerinden ayrılması zor konukçu proteine sahip, b)Zayıf simptom verirler
c)Düşük virüs konsantrasyonu oluşumu
► Mekanik inokülasyon (taşınma)’un mümkün olmadığı durumlarda, vektör böceklerle infeksiyonlar gerçekleştirilir.
İnfekteli dokuların hasadı (toplanması) ve depolama
► Sistemik simptom gösteren konukçularda, virüs konsantrasyonun gerçekte ne kadar olduğunu tahmin etmek güç olduğu halde, inokülasyonu takip eden günler için de ilk simptomlar görülmeğe başladığında dokular hasad edilir.
► Kullanılacak dokular; Yaprak, odunlaşmamış gövde, yaprak sapları, yaprak ana damarları, kabuk doku özellikle floemde lokalize olmuş closterovirus ve kutcovirusler)
►Virüslerin çoğunlukla konsantrasyonları orta damar ve yaprak laminasında (yüzey) düşük konsantrasyonda bulunur. Eğer orta damar ve yaprak sapı büyükse bu kısımlar atılmasıdır.
►Konukçu bitkinin bütün dokularının kullanılmamasının bir nedeni de virüsleri absorbe edebilecek ve daha sonra ayrılması güç engelleyici materyallerin konsantrasyonları yüksek olabilir.
►Genelde infekteli doku hasad edildikten hemen sonra kullanılır. Veya bazı özel durumlarda ekstraksiyondan önce birkaç saat dondurulup, öyle kullanılır.
►Bitki materyalleri birkaç gün için 0-4ºC de plastik torbalarda depolanabilir. Bu sıcaklık derecelerinde hücreler aktiviteleri yavaşlar; ancak hemen hemen orijinal özelliklerini korur.
►Uzun süreleri depolamalarda, dondurma işlemi kaçınılmaz; -20 ºC/-70 ºC gibi derecelerde bitki örnekleri birkaç ay muhafaza edilebilir.
►Dondurma suretiyle depolamanın avantajlı yönü kloroplastların çökelmesine neden olması ve viral olmayan proteinlerin çökelmesidir.
►Dondurma ve sonra çözündürme işleminin dezavantajlı yönü ise bazı virüslerin (Nepo-, Tymo- ya da Rhabdovirus zarar görebilmesidir.
►İnfekteli materyallerin depolama yollarına ilişkin bilgiler ya doğrudan edinilen tecrübelerle ya da daha önce yayınlanmış literatür bilgilerine dayanarak verilir.
Virüs Ekstraksiyonu
► En çok kullanılan yöntem “blender” içerisinde bitki metaryallerinin homojen hale getirilmesiyle olur.
► Bu iş için bitki materyaliyle eşit hacimde kullanılacak soğuk ekstraksiyon ortamları kullanılır. İnfekteli bitki dokusu yıkıldığı zaman, içindekiler ortama bırakılır ve bu durum da virüs partikülleri kendileri için normal olmaya bir ortam bulurlar.
► Virüs partiküllerinin infeksiyon yapabilme özelliğini koruyabileceği tampon çözeltiler kullanılmalıdır.
► Tampon çözeltilerin genel olarak içerikleri;
a)Koruyucu maddeler (askorbik asit, thioglycolic asit, sodyum tuzları, sodyum sülfit, 2-mercaptoethenol, mercaptoacetate, dithiothreital)
b)Polifenol oksidaz engelleyiciler (solivmoliethydithiocar bamale)
c)Şelat ajanları (EDTA)
►Ekstraksiyon ortamının (tampon çözelti) pH değerleri önemlidir. Virüs partiküllerinin stabil olduğu pH değerleri oldukça sınırlı. Pek çok virüsler “asit izoelektronik nok.” ya sahiptir. Uygun pH değeri 7-8 arasındadır (çökelmenin engellendiği değerler)
►İzolasyon işlemi boyunca tanenlerin etkisini az/çok azaltıcı yöntemler geliştirilmiştir:
a)Cysteine veya sodyum sülfit, quinone ile birlikte kombine olarak fenol oksidazı engeller
b)Polyfenoloksidaz, bakır içeren enzimdir. Bakır diethyldithiocarbomate ve potasyum etil xanthate için spesifik olan iki şelat maddesi infekte yapacak partikülleri elde etmek için önemlidir.
c)PVP (polivinilpirolidon) gibi maddeler virüs partiküllerinin korunmasını sağlar.
Bitki proteinleri ve ribozomlarını yok edecek maddeler kullanılır:
a)Ekstraklardaki veya kısmi olarak saflaştırılmış preparatlardaki ribonükleazlar, invitro’da partiküllerin intektivitelerini kaybetmesine neden olur.
b)Eklenen kimyasal maddeler (bentonite), nükleazlar-la bulaşık olan virüsleri temizler, ayırır.
c) Aktif kömür tozu, konukçudan gelen pigmentleri absorbe eder, tutar.
d)Na-EDTA (0.01M; pH 7.4), birkaç ribozomların virüslerle çöktürülmesini önler.
►Enzimler,başlangıç ekstraklara eklenir. Bitkiden gelen engelleyici maddelerin yıkımını sağlar.
►Triton X-100, Tween 80 gibi iyonik olmayan deterjanlar başlangıç ekstraksiyonlarda kullanılarak, çözünmeyen hücre bileşenlerini ayırmak ve virüs partiküllerini kontamine edebilecek hücresel membramlarını açmayı sağlar.
C. Virüs izolasyonu Öncesi:
a.Ekstraktın klarifikasyonu:
► Virüs izolasyonunun ilk aşaması virüsü solüsyonda bırakacak şekilde, konukçudan gelen makro molekülleri uzaklaştırır. Bunun için protokole göre kloroform, fenol….gibi bileşikler tek başlarına veya birlikte kullanılır. Düşük hızda santrifügasyon yapılarak, bitki komponentleri çökeltilir.
b.Virüs konsantrasyonu ve düşük moleküller ağırlıktaki moleküllerin uzaklaştırılması:
► Yüksek hızda santrifügasyon
► Polietilenglikol ile çöktürme
► Yoğunluk-gradient santrifügasyon
► Tuz çökeltme veya kristalleştirme
► İzoelektrik noktada çöktürme diyaliz
D. Virüs preparatlarının daha ileri aşamada saflaştırılması
►Virüsler saflaştırma aşamasına geldiklerinde, bazı düşük ve yüksek molekül ağırlığına sahip konukçu materyallerine sahiptir. Saflaştırma işlemlerinin ileri aşamalarında, bu materyaller ortamdan tamamen uzaklaştırırlar. Protokolün bu aşaması virüs stabilitesi, preparatın ölçeği ve preparat hazırlamanın amacına göre değişir.
●yoğunluk-gradient santrifügasyon
● jel filtrasyon
● bağışık ayfinite kolonu
● kromatografi
● düşük molekül ağırlığındaki materyallerin uzaklaştırılması.
E. Saflaştırılmış virüsün saklanması:
►Bu aşamadan elde edilen saflaştırılmış virüs, hemen kullanılacak durumdadır. Elde edilen preparatlar mümkün olduğu kadar uzun sürekli saklamalardan kaçınılmalıdır.
►+4Cº’de saklanan preparatlarda fungus/bakteri gelişip, kontaminasyonlar meydana gelir. Kontaminasyon (bulaşma) olduğu durumlarda mikroorganizma gelişimini engellemek için bazı kimyasallar eklenebilir. (sodyum azide, thymol veya EDTA)
►Preparatlar sıvı ortamlarda düşük sıcaklıklarda saklanabilir. eşit hacimde gliserol konulup,donduruculara konulabilir.
F. İnfektif partiküllerin ve saflık kriterlerinin tanımlanması:
►Bu aşama üç temel amaç için yapılabilir;
a)Yeni bir virüsün genel özelliklerini araştırmak için
b)Özel bir hastalığın teşhisine yardım etmek için
c)Teşhis amaçlı olarak nükleik asit probları ve spesifik antiserumları hazırlamak için
G. Ürünlerin Ölçülmesi:
►Bir bitkideki elde edilebilecek virüs konsantrasyonunu tahmin etmek oldukça güçtür. Amaca göre ürün miktarları ölçülür;
●Serolojik çalışmalar için virüsün infeksiyon yapabilme yeteneği
●İnfeksiyon çalışmaları veya tam uzunluktaki genom klonları çalışması için nükleik asitlerin bütünlüğü önemlidir.
VİROİD
Bitki patolojisinde küçün yapılı RNA’lar şeklinde olan birçok patojen bulunmaktadır. Bunlar 2 grupta incelenir:
1- kendi başına kopyasını yapanlar (viroid)
2- kopyalanmaları için aktif virüse ihtiyaç duyanlar (satellit ve zararlanmış n.a. bulunduranlar)
Viroidler bitkilerde virüs-benzeri hastalıklara neden olan patojenik RNA’lar olarak ifade edilirler. İlk kez 1971 yılında patateste hastalık yapan “Potato spindle viroid” in bulunmasıyla ortaya çıkmıştır.
- Viroidler küçük dairesel moleküllerdir
- Birkaç yüz tane (246 – 375) n.a. uzunluğundadır
- polipeptid kodlayamazlar, virüslerden bağımsız olarak çoğalırlar
- bilinen en küçün yapılı patojendir
- ekonomik zararı çok yüksektir.
- hastalıklarını virüs hastalıklarından ayırt etmek için kısaltması “Vd” olarak kullanılmaktadır.
RNA yapıları ve dizin şekilleri esas alınarak iki familyası bulunmaktadır.: Pospoviroidae, Avsunviroidae
Viroidler monokotiledon ve dikotiledon bitkilrde infeksiyon yapar. Grup olarak farklı olmalarına karşın, virod simptomlarını virüslerinkinden ayırd etmek oldukça zordur.
Genel olarak bodurlaşma, beneklenme, yaprak şeklinin bozulması ve nekrozlar gibi arızlar meydana getirirler. Simptom vermeyen infeksiyonları olduğu gibi öldürücü infeksiyonları da mevcuttur. Simptomsuz birçok viroid infeksiyonunun olabileceği düşünülmektedir.
Viroid infeksiyonundan kaynaklanan hücresel yapıda değişiklikler rapor edilmiştir. Bunlara düzensiz hücre duvarı kalınlaşması veya kloroplastların yapısının bozulması gibi.
Mikroskopik gözlemler sonucunda viroidler bitkilerde vasküler dokuda mezofil hücrelerinde ve bazılarının bitki çekirdeğinde, kloroplastlarda bulunduğunu göstermiştir.
Viroid infeksiyonundan dolayı konukçu n.a. Metabolizmasında büyük bir değişiklik olmamaktadır. Büyük değişiklikler konukçu proteinlerinde meydana gelmektedir.
Viroidler konukçusu içerisinde kendi başlarına hücreden hücreye geçebilirken, hızlı taşınmaları konukçudaki virüs infeksiyonuyla olmaktadır. Uzun mesafedeki taşınmaları floem yoluyla olmaktadır.
Viroidlerin en etkili taşınma yolları mekanik yolla olmaktadır. Arazi içerisindeki taşınma çoğunlukla bulaşık aletler ve çalışanların dikkatsizliği ile olmaktadır.
Etkili diğer taşınma şekli bulaşık bitkisel materyal, çiçek tozları ve tohumlarla olmaktadır.
Elektron mikroskobuyla gözlenmektedirler.
Yüksek sıcaklıktaki dönemlerde simptomları gelişir.
Viroidler spesifik proteinler üretmedikleri için serolojik yolla teşhis edilemezler.
En uygun teşhis yöntemleri:
biyolojik testler, jel elektroforez, PCR ve nükleik asit hibridizasyon yöntemleridir.
Virüs Hastalıkları Kontrolü
►Virüs infeksiyonlarının epidemi yapma sebepleri:
- İnfekteli tohum/bitkisel materyal kullanılması
- virüs vektörlerinin bulunması
- mevcut virüse duyarlı yeni çeşitlerin ziraatının yapılması
- monokültür yetiştiricilik yapılması
- kullanılan sulama sistemlerinin yetiştirilen kültürün mevsimi uzatarak bir diğeri ile çakışmasıne neden olması
- aynı kültür için arazinin yıllarca kullanılması
- aşırı gübre ve yabancı ot ilaçlarının kullanılması
Son yıllarda virüs hastalıklarıyla mücadele de en uygun stratejiyi belirlemek için çalışma yapılan alanlar:
-dayanıklı çeşit elde etmek için ISLAH programları
- vektör kontrolü
- virüs taşımayan tohum/bitkisel materyal üretim merkezleri
- transgenik bitki üretimi
Virüslerin kimyasal veya tedavi edici kontrolü mümkün değildir. Temel ilke olarak kontrolleri “koruyucu yöntemleri” içerir.
►Koruyucu yöntemler, infeksiyonun gerçekleşmesini ve/veya yayılmasını yöneliktir.
1)Agronomik önlemler, 2)Fitoyatrik önlemler, 3)Yasal önlemler
1) Agronomik önlemler:
Arazide önceki ürüne ait bitki artıklarının temizlenmesi [Özellikle seralarda temas yoluyla taşınan (Tobamovirus, Polexvirus) veya vektörle taşınmayıp, toprak kökenli virüsler için (Tobamovirus, Tombusvirus, Carmovirus)]
● İnfekteli bitkilerin mekanik olarak ortamdan uzaklaştırılması
● Ürün rotasyonu
● Taşıyıcı vektörlerden uzak alanlarda ürün yetiştiriciliği
● Bitki toprak üstü aksamının erken yok edilmesi (örn. Patates yumrularında meydana gelebilecek geç bir infeksiyonu önlemek için)
● Uçan vektörleri göz önüne olarak erken veya geç ekim ve/veya şaşırtma yapılması
● Tohum yataklarının ince tellerle, rüzgâr kıranlarla korunması, vektör uzaklaştırıcılarla malçlama yapılması
● Belirli dönemlerde duyarlı türlerle ziraat yapılmaması.
2) Fitoyatrik Önemler:
► Yabancı ot mücadelesi; bazı virüslere konukçuluk ettikleri için…
► Vektör kontrolü; perzistemt virüslerin insektisitlerle mücadelesi mümkündür. Kimyasal mücadelenin perzistent olmayan yolla taşınan virüslere karşı önleme etkisi yoktur vektör kontrolü için tuzak kullanımı ya da böcek yok edicilerin etkisi azdır. En iyi sonuçlar fitotoksik olmayan ve sıklıkla uygulanacak “mineral yağlar” çok iyi sonuç verir.
► Virüs taşınmasında etkili diğer vektörler nematod funguslara karşı kimyasal mücadele çok iyi sonuç vermez.
► Sağlıklı tohum üretimi ve kullanımı; inokulum kaynağının üründen uzak olduğu durumlarda, özellikle temas yoluyla kolaylıkla taşınan (Tombusvirus) ve perzistent olmayan virüslerle mücadele için her zaman önerilir.
► Sağlıklı çoğaltım materyalinin üretimi ve kullanımı: Her zaman uygulanması gereken ve uygulanan bir yöntemdir. Doğal yollarla yayılmayan veya yayılımı çok yavaş olan virüsler için mükemmel sonuç verir.
► Primer (başlangıç) kaynakları zirai bitkiler olan virüslerin potansiyel inokulum kaynaklarını önemli ölçüde azaltır.
► Kros proteksiyon (korunma); hastalık yapıcı etkisi zayıflatılmış virüs ırkının yapay olararak ticari kültürle aşılaması prensibine dayanmaktadır. Bu ırk aynı patojenin daha virülent ırkından dolayı meydana gelecek infeksiyonlardan korur.
► Daha çok satellit RNA’lar kullanılır. Şimdiye dek domates ürünlerinde (tütün mozayik virüsü, hıyar mozayik virüsü), kabak (sarı mozayik virüsü), papaya (halka leke virüsü), turunçgil (turunçgil tristeza virüsü) kullanılmıştır.
► Sanitari seleksiyon; öncelikle görsel gözlemlere dayanır. Daha sonra seçilmiş virüs taşımayan klonlardan seralarda ve/veya laboratuar koşullarında yapılacak testlemelerle konfirme edilir. Daha ileriki aşamalarda “sanitasyon Teknikleri” kullanılır.
► Sanitari seleksiyon ve sanitasyon, ulusal ve uluslar arası düzeyde tanınan, sağlıklı olduğu kesin tanımlanmış materyallerin eldesini amaçlayan SERTİFİKASYON protokollerinin temelini teşkil eder.
► Dayanıklı bitkilerin üretimi; genetik mühendisliğiyle transjenik bit. eldesi dayanıklılık özelliğini verecek genlerin ticari değeri olan bitkilere transferi
3) Yasal önlemler:
► İhracat, ithalat ve bölgesel bitki materyalleri transferini uygun şekilde yapılmasını sağlayan kurallar doğrultusunda uygulanır.
► Zarar yapma riski olan hayvanlar, bitki virüslerinin girişini engellemeyi amaçlar “KARANTİNA UYGULAMALARI” yla işler.
SERTİFİKASYON PROGRAMI OLUŞTURMAK İÇİN GEREKLİ ORGANİZASYON KURALLARI
1- Milli sertifikasyon servisi; vejetatif olarak çoğlatılan bitkiler için
2- sertifikasyon programını otorize etmek üzere TARIM BAKANLIĞI
3- bilimsel komite;
- Tarım Bakanlığı’ndan 2 kişi
- İki bitki patoloğu
- İki pomolojist
- Bir yetiştirici
- Bir fidancı
4- sertifikasyon servisleri, bilimsel enstitülerle işbirliği içerisinde çalışmaktadır
5- Milli katalog
6- Sertifikasyon prosedürü aşağıdaki aşamalardan meydana gelir:
- pimer kaynakların elde edilmesi (pomolojik ve sanitari seleksiyonu kapsar)
-Ön çoğaltma için korunma (sağlıklı koşullarda primer kaynaklardan elde edilen tür/çeştiterden en az 2 tanenin korunmaya alınması; pre-basic)
- Ön çoğaltma (temek kategoride yer alan materyallerle “ana blokların “ oluşturulması)
- Çoğaltma (sertifika alacak olan materyalin çoğaltılması)
- fidanlık (özel fidanlıklar)
Sertifikasyon programında üretim materyallerinin toplandığı kategoriler:
- Primer kaynak: ıslahçılar tarafından üretilmiş ve yine onların gözetiminde olan materyaller
- Temel öncesi (pre-basic): Fondasyon bloklarının kurulması için kullanılan materyaller
- Temel (basic): Ana blokların kurulması için kullanılan ve fondasyon bloklarından üretilen materyaller
- Sertifikalı: ana bloklardan üretilen ve doğrudan ticari bahçeler kurmak üzere kullanılan materyaller
Sertifikalı materyallerin sanitari (sağlık) durumu iki kategoride toplanır:
A- Virüs taşımayan materyal: Türde bilinen bütün virüs ve virüs-benzeri organizmalardan ari olması
B-Virüs testlenmiş materyal: Tür için sertifikasyon programlarında ve listesinde yer alan, ekonomik olarak zarar veren virüs ve virüs-benzeri organizmaları taşımaması.
Sertifika programında elde edilen bitkisel materyaller özel renkteki etiketlerden taşımak zorundadır.
Temel öncesi materyal: mavi kenarlı beyaz etiket
Temel materyal: beyaz etiket
Sertifikalı materyal: mavi etiket
SAĞLIKLI MATERYAL SEÇİMİ VE SERTİFİKASYON
-Bu aşamada pomolog ve bitki patologları birlikte çalışmalıdır.
-Sağlıklı materyal seçimi için kullanılacak bahçeler 10-12 yaşlı olmalıdır.
-Her varyete için en az 2-3 bahçeden örnekler alınmalıdır.
-Bahçeler farklı ekolojik koşullarda yer almalıdır.
-Bahçede genel görünüm ve kullanılana anaç-kalem ilişkisi dikkate alınarak 5-10 adet ağaç seçilmelidir.
-Seçilen aday klonlar çeşti özelliğini tam olarak gösterir ve görünür hastalık simptomu taşımıyor olmalıdır.
-Aday klonlar hastalık testlerinden sonra (ELISA öncelikli) 2 yıl süreyle gözlem altına alınırlar. Alınan sonuçlar doğrultusunda sağlıklı olduğu kesinlikle bilinen ve en iyi performansı gösteren aday klonlar 2. seleksiyona tabi tutulurlar. Yeni elde edilen aday klonlar indeksleme testine alınırlar.
- İkinci seleksiyondan çıkan aday klonlar, bilimsel enstitütlerin danışmanlığı ve kontrolü altında kurulan “saklama arazilerine” konulurlar. Sağlık testlerinde infeksiyon taşıdıkları tespit edilenler, sanitasyon işlemi için ayrılırlar.
-sanitasyon çalışmalarından elde edilen sağlıklı oldukları testlerle tekrar belirlenenler saklama arazine konulurlar. Serolojik ve biyolojik testlemeler sıklıkla kullanılan yöntemlerdir.
-Adaya klonlar iki farklı ekolojideki arazilerde kullanılarak “primer kaynaklar” oluşturulur.
-Primer kaynaklar böcek geçirmeyen “screenhouse” larda korunurlar. Screenhouse’da her varyeteden iki kopya bulunur. Bunlar “temel öncesi” materyallerdir.
-Temel öncesi materyalden alınan temel materyallerle “ön çoğaltım blokları” hazırlanır.
-Asıl çoğaltım özel fidanlıklarda ana bloklardan elde edilen materyallerle yapılır.
BİYOLOJİK MÜCADELEDE VİRÜSLERİN “BİYOPESTİSİT” OLARAK KULLANILMASI
Baculovirüsler böceklere ve diğer arthropoda’lara saldıran patojenlerdir. Bilinen genel virüs özelliklerine sahip, çok küçük yapıda, çift sarmallı DNA’ya sahiptir.
Baculovirüslerin nükleik asitleri konukçu “gut” yapısındaki özellikler ve güneş ışığında kolaylıkla yok edilebileceği için infektif partiküller “polyhedron” adı verilen proteinlerle çevrilidir
Birçok böcek baculovirüsleri infeksiyon meydana getirmek için konukçu tarafından yenilmeli ve böceğe zararlı etkisini göstermelidir.
Biyolojik kontrol ajanı olarak kullanılan baculovirüslerin çoğunluğu Nucleopolyhedrovirus cinsinde bulunmaktadır. Bu virüsler tür-spesifik özellik gösterdikleri ve sınırlı insektisit spektrum uygulamalarına sahip olduğundan mükemmeldir.
Baculovirüslerin bitkilere, memelilere, kuşlara, balıklara ve hatta hedef olmayan böcekler üzerinde negatif etkileri bulunmamaktadır.
vBulletin, Copyright ©2006-2024, Jelsoft Enterprises Ltd.