Mr.Muhendis
27.01.2010, 22:27
Çoğu protein katlanarak kendine has üç boyutlu bir yapıyla şekil alır. Proteinin doğal olarak katlanıp oluşturduğu şekle onun doğal hali denir. Çoğu proteın kendini olşturan amino asitlerin yapısal eğilimleri yoluyla yardım görmeden katlanabilirse de, diğerleri doğal hallerine elde edecek sekilde katlanabilmek için moleküler şaperonlara gereksinim duyarlar. Biyokimyacılar çoğu zaman protein yapısının dört ayrı yönüne değinirler:
* Birincil yapı(primer yapı): amino asit dizini.
* İkincil yapı(seconder yapı): hidrojen bağları ile kararlı kılınan, düzenli tekrarlanan yerel yapılardır. Bunların en yaygın örnekleri alfa sarmalı (alpha helix) ve beta yaprağıdır (beta sheet). İkincil yapılar yerel olduğu için bir proteinin içinde farklı ikincil yapılara sahip pek çok bölge olabilir.
* Üçüncül yapı(tersiyer yapı): tek bir proteinin tamamının şekli, ikincil yapıların birbirleriyle olan uzaysal ilişkisi. Üçüncül yapı genelde yerel olmaya etkileşimler tarafından kararlı kılınır, bu en yaygın olarak bir hidrofobik çekirdeğin oluşmasıyla olur ama tuz köprüleri, hidrojen bağları, disülfür bağları ve hatta translasyon sonrası değişimler (post-translational modifications) de olur. Üçüncül yapı ile katlama (İngilizce fold) eş anlamlıdır.
* Dördüncül yapı(kuanter yapı): Birden fazla protein molekülünün birbiriye etkileşmesiyle oluşan yapının şekline denir. Bu bağlamda söz konusu proteinlerin bir protein kompleksinin altbirimleri olduğu söylenir.
Yapıyı oluşturan bu seviyelere ek olarak, proteinler işlevlerini görürken birbiriyle ilişkili bir yapıdan başka bir yapıya geçmeleri de protein yapısının bir diğer boyutunu oluşturur. Bu işlevsel yeniden yapılanmaların söz ederken bu üçüncül veya dördüncül yapılarına proteinin "konformasyonları" denir ve bunlar arasındaki geçişlere konformasyonal değişim adı verilir. Bu tür değişimler çoğu zaman bir substrat molekülün bir enzime bağlanmasıyla tetiklenir.
Tipik olarak görülen üçüncül yapılarla ilintili olarak proteinler kabaca üç ana sınıfa ayrılabilirler: küresel (globüler) proteinler, lifli (fibröz) proteinler ve zar (membran) proteinleri. Hemen bütün globüler proteinler suda çözünür ve çoğu enzimdir. Fibröz proteinler çoğunlukla yapısaldırlar; zar proteinleri ise sıkça reseptör olarak görev yapar veya suda çözünen küçük moleküllerin hücre zarından geçmeleri için kanal oluştururlar.
Proteinlerin içinde yer alan özel bir hidrojen bağı türüne dehidron denir, bunlar su molekülü saldırısından korunaklıdır ve kendi dehidrasyonlarını sağlarlar. Proteinlerin yapısının bozulmasına DENATÜRASYON denir. Yapısının eski haline dönmesine RENATÜRASYON denir.
* Birincil yapı(primer yapı): amino asit dizini.
* İkincil yapı(seconder yapı): hidrojen bağları ile kararlı kılınan, düzenli tekrarlanan yerel yapılardır. Bunların en yaygın örnekleri alfa sarmalı (alpha helix) ve beta yaprağıdır (beta sheet). İkincil yapılar yerel olduğu için bir proteinin içinde farklı ikincil yapılara sahip pek çok bölge olabilir.
* Üçüncül yapı(tersiyer yapı): tek bir proteinin tamamının şekli, ikincil yapıların birbirleriyle olan uzaysal ilişkisi. Üçüncül yapı genelde yerel olmaya etkileşimler tarafından kararlı kılınır, bu en yaygın olarak bir hidrofobik çekirdeğin oluşmasıyla olur ama tuz köprüleri, hidrojen bağları, disülfür bağları ve hatta translasyon sonrası değişimler (post-translational modifications) de olur. Üçüncül yapı ile katlama (İngilizce fold) eş anlamlıdır.
* Dördüncül yapı(kuanter yapı): Birden fazla protein molekülünün birbiriye etkileşmesiyle oluşan yapının şekline denir. Bu bağlamda söz konusu proteinlerin bir protein kompleksinin altbirimleri olduğu söylenir.
Yapıyı oluşturan bu seviyelere ek olarak, proteinler işlevlerini görürken birbiriyle ilişkili bir yapıdan başka bir yapıya geçmeleri de protein yapısının bir diğer boyutunu oluşturur. Bu işlevsel yeniden yapılanmaların söz ederken bu üçüncül veya dördüncül yapılarına proteinin "konformasyonları" denir ve bunlar arasındaki geçişlere konformasyonal değişim adı verilir. Bu tür değişimler çoğu zaman bir substrat molekülün bir enzime bağlanmasıyla tetiklenir.
Tipik olarak görülen üçüncül yapılarla ilintili olarak proteinler kabaca üç ana sınıfa ayrılabilirler: küresel (globüler) proteinler, lifli (fibröz) proteinler ve zar (membran) proteinleri. Hemen bütün globüler proteinler suda çözünür ve çoğu enzimdir. Fibröz proteinler çoğunlukla yapısaldırlar; zar proteinleri ise sıkça reseptör olarak görev yapar veya suda çözünen küçük moleküllerin hücre zarından geçmeleri için kanal oluştururlar.
Proteinlerin içinde yer alan özel bir hidrojen bağı türüne dehidron denir, bunlar su molekülü saldırısından korunaklıdır ve kendi dehidrasyonlarını sağlarlar. Proteinlerin yapısının bozulmasına DENATÜRASYON denir. Yapısının eski haline dönmesine RENATÜRASYON denir.